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设置陌生人短信拦截，对方是否会知道取决于你使用的拦截工具和服务商的处理方式。至于安全性问题，这也取决于你使用的工具和服务商的安全措施。以下是关于这两点的详细解答。
1、对方是否会知道：
如果你使用的是手机自带的短信拦截功能，通常对方不会知道他们的短信被拦截，一些第三方应用或软件可能会通知对方他们的消息被拦截，如果对方尝试多次发送短信并发现都被拦截，他们可能会意识到他们的消息没有送达。
2、安全性问题：
如果你使用的是正规、安全的手机设置或短信应用来拦截陌生人短信，那么安全性应该是有保障的，这些应用通常会对收到的信息进行筛选，防止恶意信息和诈骗，如果你使用的是未知来源的第三方拦截工具，可能存在安全风险，因为它们可能未经充分测试或含有恶意代码，如果你将个人信息（如手机号码）提供给某些服务或应用以启用短信拦截功能，这也可能带来安全风险。
为了保证安全和隐私，建议只使用正规、知名的手机应用或功能来拦截陌生人短信，避免在未知来源的网站上提供个人信息，如果担心自己的隐私和安全，还可以考虑向专业的网络安全人士寻求帮助和建议。